Halibut Atlantik adalah air dingin flatfish asli Utara Atlantik yang menunjukkan potensi yang sangat baik untuk produksi dalam akuakultur karena sangat berharga daging putih. Flatfish telah lama ikan pilihan makanan, dengan banyak anggota, misalnya kelompok, halibuts, Flounders, sol, turbot, dan plaice, memiliki nilai komersial yang besar khususnya di Asia. Dengan penurunan umum di seluruh dunia perikanan liar, dan meramalkan runtuhnya global semua saat memancing spesies pada tahun 2048. sangat penting bahwa alternatif seperti budidaya dikejar. Investigasi ke dalam memproduksi flatfish oleh akuakultur telah berlangsung selama terakhir Limabelas atau duapuluh tahun. Produksi perikanan budidaya dari Jepang menggelepar, turbot, halibut Atlantik dan lain-lain telah kini telah berhasil dicapai, meskipun perbaikan dalam efisiensi masih jelas diperlukan. Pada hasil terdapat cDNA perpustakaan dan EST, anotasi, dan Fungsional kategori cDNA. Normalised perpustakaan cDNA arah dibangun dari lima tahap larva yang berbeda (Penetasan, mulut membuka, tengah untuk metamorfosis, premetamorphosis, dan postmetamorphosis) dan delapan jaringan dewasa yang berbeda (testis,ovarium,hati, kepala ginjal, limpa,kulit,insang,dan usus). Hasil cDNA perpustakaan dan EST Perpustakaan cDNA normalisasi dibangun dari delapan Halibut Atlantik jaringan dan lima tahap perkembangan. Untuk semua perpustakaan, persentase klon dengan sisipan adalah tinggi, berkisar 91-98%, dengan ukuran rata-rata masukkan antara 1,3 dan 1,6 kb.Setelah pemangkasan dan vektor penghapusan, 12675 urutan yang baik diperoleh. Rata-rata baca panjang setelah pemangkasan untuk perpustakaan masing-masing sekitar 600-700 bp dengan mayoritas membaca dikompilasi dari semua perpustakaan yang 13 antara 700 dan 800 bp. Clustering dari urutan menggunakan Paracel assembler transkrip menghasilkan urutan yang unik 7738 (Redundansi faktor 1,6), menunjukkan baik normalisasi dicapai oleh pendekatan ini.

 Dalam metode ini yang digunakan yaitu ikan pemeliharaan dan sampling, perpustakaan cDNA konstruksi, Sequencing, EST dan anotasi, dan Identifikasi urutan mikrosatelit. SED dan MER dipahami dan dirancang proyek. LCK dibangun perpustakaan cDNA. JK dan MER dilakukan bioinformatic analisis. Meningkatkan komersial budaya Atlantik halibut. Rekombinasi efisiensi perpustakaan berkisar 91-98% dan masukkan ukuran rata-rata 1,4 kb. Sekitar 1000 klon diurutkan dari ujung 5'-perpustakaan masing-masing dan setelah pemangkasan, 12675 urutan yang baik diperoleh. Redundansi dalam perpustakaan masing-masing sangat rendah dan perakitan dari koleksi seluruh EST ke contigs menghasilkan 7738 urutan yang unik yang 6.722 (87%) memiliki pertandingan di Genbank. Penghapusan EST dan contigs yang berasal dari bakteri atau organisme makanan menghasilkan total 7710 urutan halibut unik.

            Sebuah langkah awal yang penting dalam karakterisasi genom spesies baru, dalam hal ini Atlantic halibut (Hippoglossus hippoglossus), adalah generasi informasi EST. Sebuah koleksi dari 7710 EST Unigene beranotasi fungsional telah dirakit dari Halibut Atlantik. Ini telah dimasukkan ke dalam database, tersedia untuk publik dicari dan membentuk dasar untuk microarray oligonukleotida yang dapat digunakan sebagai alat untuk mempelajari ekspresi gen dalam hal ini ikan ekonomis penting aquacultured. Hal ini membentuk dasar untuk desain microarray berikutnya, deteksi SNP dan penempatan penanda baru pada genetik linkage peta

SUMBER JURNAL

Bioinformatic of Aquaculture

              Bioinformatika sudah menjadi bisnis besar sekarang. Perusahaan bioteknologi yang menghasilkan data besar seperti perusahaan sekuen genom, senantiasa memerlukan bagian analisa Bioinformatika. Produk Bioinformatika pun sudah dipatenkan baik di AS, Eropa maupun Asia [18]. Berdasar jenisnya produk yang dipatenkan itu bisa dibagi menjadi tiga yaitu (1) perangkat lunak Bioinformatika, termasuk diantaranya adalah perangkat lunak pencarian database dsb dengan contoh misalnya paten no. 6,125,331 di AS berjudul “Structural alignment method making use of a double dynamic programming algorithm”, (2) metode Bioinformatika, ini menggunakan analogi metode bisnis telah dapat dipatenkan di AS seperti pada kasus pematenan Amazon.com, sebagai contoh adalah paten no. 6,125,383 di AS tentang “Research system using multi-platform object oriented program language for providing objects at runtime for creating and manipulating biological or chemical data”, terakhir (3) produk Bioinformatika itu sendiri yaitu informasi biologis hasil analisanya.

                                                   Gambar. DNA chip.

Meskipun di Indonesia  Bioinformatika  masih  belum dikenal oleh masyarakat luas    di kalangan peneliti sendiri mungkin hanya para peneliti biologi molekuler yang sedikit banyak mengikuti perkembangan karena keharusan.sementara itu di kalangan TI masih kurang mendapat perhatian ketersediaan data base dasar (DNA,protein) yang bersifat terbuka atau gratis merupakan peluang besar untuk menggali informasi berharga, sudah disepakati data base genom manusia misalnya akan bersifat terbuka untuk seluruh kalangan. Maka dapat digali kandidat-kandidat gen yang memiliki potensi kedokteran/ farmasi dari sinilan Indonesia dapat ikut berperan mengembangkan Bioinformatika, kerjasama antara peneliti biotekhnologi yang memahami makna biologis data tersebut dengan praktisi IT seperti programmer dsb, akan sangat berperan dalam kemajuan bioinformatika di Indonesia nantinya

Ledakan data base/informasi biologi itu yang mendorong lahirnya “Bioinformatika” karena bioinformatika adalah bidang yang relative baru masih banyak ksalah pahaman mengenai definisinya. Computer sudah lama digunakan untuk menganalisis data biologi, misalnya terhadap data- data kristalografi sinar X dan NMR ( Nuclear Magnetic Resonance), dalam melakukan penghitungan transformasi Fourier dsb, bidang ini disebut sebagai biologi komputasi. Bioinformatika muncul atas desakan kebutuhan untuk mengumpulkan, menyimpan dan menganalisis data-data biologis dari data base DNA, RNA maupun protein tadi, untuk mewadahinya beberapa jurnal baru bermunculan  (misalnya Applied Bioinformatics) atau berubah nama seperti Computer Applications in the Biosciences (CABIOS) menjadi bioinformatik yang menjadi official journal. Dari International Socienty For Computational Biology (ICSB)

 

 

http://witarto.files.wordpress.com/2008/01/witarto-bioinformatika.pdfBioinformatic aquaculture